Aquellos que practican el submarinismo desde hace años se habrán dado cuenta que la flora y fauna marina ya no son lo que eran. Por ejemplo, cada vez es más difícil localizar langostas o meros ¿Y esto a qué es debido? Se debe a varias causas: la contaminación de nuestros mares; la construcción de espigones que cambian la dinámica de las corrientes; la propia explotación pesquera.

Las especies dependen del medio o hábitat en el que viven. ¿Puede la pesca modificar estos hábitats? ¿La actividad pesquera actual podría acabar con una parte importante de las especies comerciales?

Los artes de pesca lógicamente provocan perturbaciones a las especies que explotan y a su biología, pero existen algunos artes que, además, también afectan a los hábitats bentónicos del fondo marino. Las perturbaciones en el ámbito de la biología de las especies pueden ocasionar cambios en su comportamiento reproductor, en su fecundidad o en su crecimiento. Las físicas alteran, modifican y simplifican el medio del que dependen las especies: su hábitat. La pesca puede llegar a niveles muy altos de explotación alcanzándose una sobreexplotación de los recursos. Esto puede desembocar en situaciones extremas irreversibles para el recurso explotado, el cual puede prácticamente desaparecer, cuando menos para la pesca al no llegar a valores rentables para ser explotado. La presión del impacto físico de la pesca, se deja notar especialmente en el entorno costero, un medio muy vulnerable, en el cual las modificaciones pueden crear situaciones complicadas para el hábitat, llegándose incluso a situaciones no sostenibles para la propia comunidad costera.

La competencia entre las flotas pesqueras se ha basado en una carrera de inversiones tecnológicas para conseguir una mayor potencia y un mayor número de capturas. La explotación de los recursos naturales, sin controles rigurosos de los niveles de extracción, ha provocado la sobreexplotación y el colapso de muchos recursos a escala mundial, como el bacalao en el Atlántico Norte, la sardina de California o la anchoveta del Perú. En el Mediterráneo, especies como la merluza o la anchoa se encuentran en unos niveles de sobreexplotación muy preocupantes. A pesar de haber aumentado la capacidad extractiva de las flotas pesqueras, el volumen de capturas mundiales no ha aumentado, sino que su tendencia ha ido disminuyendo desde principios de los años 90.

Otro problema que conlleva la pesca es el descarte. Este corresponde a la fracción de la captura que no se comercializa y que es devuelta al mar, bien por su bajo interés comercial, bien porque las especies están dañadas , o porque la talla no es la comercialmente autorizada. Un porcentaje muy elevado de estos organismos devueltos al mar no sobrevive, en determinadas especies de peces puede llegar al 80%. La cantidad de captura descartada no es nada despreciable, pudiendo alcanzar entre un 20 y un 50% de la captura total, y varia en función de la especie comercial objetivo, de la profundidad o de la estación del año.
El impacto de la explotación pesquera de las especies comerciales también puede repercutir sobre terceras especies ocasionando lo que se conoce como las capturas no deseadas o accidentales. Estas capturas pueden ocasionar la mortalidad de especies como focas, tortugas marinas o pájaros, todas ellas de una gran importancia en el conjunto del ecosistema marino.

En el Mediterráneo el impacto más importante sobre los fondos marinos es el ocasionado por arte de arrastre, y más localmente el ocasionado por el rastrillo o rastro. El arrastre modifica la estructura del fondo marino alterando y dispersando el sedimento, a la vez que provoca una mortalidad añadida a la de la captura al dañar o matar a los organismos sobre los que pasa al ser arrastrado. El rastrillo provoca efectos similares pero en zonas más costeras y cerca de las praderas de posidonias.
El impacto de la explotación pesquera vemos que recae tanto sobre especies comerciales como no comerciales, que puede alcanzar niveles de sobreexplotación y que puede alterar el hábitat de los fondos marinos (o bentónicos), todo lo cual se traduce en una perdida o disminución de la biodiversidad marina.

Toda la información que se dispone de las especies y comunidades y de los fondos se ha de tener en cuenta a la hora de querer gestionar y ordenar una pesquería. No se puede permitir que se capturen ejemplares más pequeños de un determinado tamaño, por debajo del cual se reproducen por primera vez, ni modificar mediante la pesca en los lugares donde las especies van a reproducirse o a alimentarse. Las alteraciones que la pesca provoca, manipulando los ecosistemas y, en concreto, a las poblaciones explotadas, puede poner en peligro, y de hecho ya lo hace, el propio recurso pesquero y a la comunidad que dependa de él.

Para intentar eliminar o reducir al mínimo estos efectos perturbadores de la pesca, muy especialmente controlando y gestionando correctamente la explotación pesquera, se ha planteado a escala mundial la necesidad de trabajar bajo el llamado "Principio de precaución" (Fao, 1995), en el cual se asume que las acciones humanas son en principio perjudiciales mientras no se demuestre lo contrario y que se han de evitar los cambios que potencialmente puedan ser irreversibles.
Si acabamos con nuestros recursos pesqueros y disminuimos la biodiversidad marina, no podremos disfrutar del espectáculo de ver a bancos de peces nadar cerca de nosotros, ni del sabroso sabor de ciertas especies de peces y marisco.